O Tocantins, na época recém criado, contava com uma média de 160 médicos atuando, e foram esses profissionais que deram início ao primeiro livro de registro da entidade. 

A abertura do livro e as primeiras inscrições datam de 22 de maio de 1989, marco dos primeiros registros médicos no Tocantins. Compuseram a primeira diretoria da entidade, instituída provisoriamente, os médicos: Dr. Frederico Henrique de Melo (presidente), Pedro Figueiredo (1º secretário) e Francisco Francimar Gonçalves (Tesoureiro).

A primeira sede própria do CRM-TO foi instalada em Palmas no dia 17 de junho de 1992, construída com recursos do Conselho Federal de Medicina, na gestão do então presidente Dr. Joel Carneiro.

 A forte demanda do Estado, associada às transformações destes anos, fez com que a população médica saltasse de 160 para 2.723 profissionais registrados, destes 1.719 encontram-se ativo.